伊朗海關中央總部由海關總長辦公室和四個副總關長辦公室組成,負責十個監管分支機構和德黑蘭各執行海關的管理和監督工作,而分布在全國各地的十個監管機構則對地方執行海關進行管理。邁赫爾阿巴德海關(MEHRABAD)、沙里亞爾海關(SHAHRIYAR)、西南海關(WEST & SOUTH)和展覽及郵政海關的運行由德黑蘭中央總部直接管理。
伊朗全國共有141個執行海關,分布在德黑蘭和各大城鎮、邊境地區和一些波斯灣島嶼及邊境市場。
伊朗海關中央總部下設安全保障部、地區海關協調部、公共關系及國際關系部、調查部和爭端解決委員會,對監管機構和執行海關的工作進行指導和協調,根據情況,頒布或通告海關條例、指令和業已通過的法律、法規及其他必須遵照執行的措施,對執行海關提出的異議和問題進行調查并作出最終裁決。上述部門在海關總長的指導下進行工作。
四個副總關長分別下轄以下部門和辦公室:
1.海關事務副總關長:進口部、出口部、海關估價及關稅稅則部。
2.法律和監管事務副總關長:過境事務部、文件核審部、法律事務部。
3.行政和財政事務副總關長:服務及采購部、行政事務部、財政事務部、組織及預算部。
4.工程和規劃事務副總關長:海關體系規劃和改進部、統計和服務自動化部、海關培訓和研究部、海關數據自動化系統國家工程部。